Joukkovelkakirjalainojen ja muiden korkosijoitusten suurimpia riskejä ovat korkoriski, luottoriski ja inflaatioriski. Muita riskejä on syytä pitää mielessä, kuten puhelun riski, mutta ne koskevat vain rajoitettua määrää tilanteita.
Lainan hinnat ja korot liikkuvat yleensä käänteisesti toisistaan. Joukkovelkakirjalainojen hinnat laskevat yleensä, kun korot nousevat, koska korkeamman koron korkoa laskettaessa liikkeeseen lasketaan yleensä uusia joukkovelkakirjalainoja. Esimerkiksi, jos sijoittaja ostaa joukkovelkakirjalainan, jonka korko on 3%, kun markkinakorot ovat 3%, ja yrittää myydä sen, kun markkinakorot nousevat 4%: iin, hän saa halvemman hinnan kuin olisi saanut, jos korot ei noussut.
Koska joukkovelkakirjat ovat eräänlainen velka, velkakirjan haltija on alttiina velallisen laiminlyönnille. Moody's, Standard & Poor ja muut joukkovelkakirjojen luokituslaitokset julkaisevat luokitukset, jotka arvioivat yksittäisten joukkovelkakirjalainojen laiminlyönnin todennäköisyyden markkinoilla. Pääjakoja on kaksi: sijoitusluokka ja muu kuin sijoitusluokka. Sijoittamattomiin joukkovelkakirjalainoihin liittyy paljon suurempi luottoriski, mutta niiden tuotto on yleensä korkeampi kompensoida.
Inflaatio voi olla erityisen haitallinen kiinteätuottoisten arvopapereiden sijoittajille, koska niiden tuotto on kiinteä määrä. Inflaatiotapauksessa tämän määrän todellinen arvo laskee ja sijoittajat voivat jopa menettää rahaa korkosijoituksella. Helpoin tapa käsitellä inflaatioriskiä on sijoittaa Yhdysvaltain Treasury Inflaation -suojattuihin joukkovelkakirjalainoihin (TIPS). Näiden joukkovelkakirjalainojen pääoma mukautetaan inflaatioon, kun se maksetaan lainanomistajalle.
