Kun S-yhtiön pääoma maksaa rahaa liiketoiminnalle, syntyy huomattavasti erilaisia verovaikutuksia riippuen siitä, pidetäänkö maksua lainaa vai luokitellaanko se maksetun pääoman lisätueksi. Lainan takaisinmaksua S-yhtiöltä pääomalle ei yleensä pidetä pääoman tuotona. Kuitenkin, jos alkuperäistä maksua pidettiin lisäsijoitettuna pääomana, myöhempiä pääoman maksuja voidaan pitää osingonjakoina tai palkoina, jotka sitten verotetaan pääomalle ja jotka voivat sisältää jopa itsenäisten ammatinharjoittajien verot.
Jotta pääoman maksua S-yhteisölle voidaan käsitellä lainana, Internal Revenue Service eli IRS edellyttää, että S-yhtiön ja pääoman välillä on oltava vilpittömässä mielessä velkasopimus. Jos tällaista sopimusta ei ole, IRS voi pitää lainaa lisämaksuna pääomana. Vilpitön velasopimus sisältää muun muassa:
1) Kirjallinen sopimus tai velkakirja S-yhtiön ja pääoman välillä
2) Kohtuullinen korko lainalle
3) Jonkinlainen lainan vakuus
4) Lainan takaisinmaksuaikataulu
Päätöksenteon keskeinen teema on todellinen lainasopimus, joka on tehtävä, jossa lainanantajalla, joka myös tässä tapauksessa on pääoma, on kaikki tavanomaiset suojat ulkopuoliselle lainanantajalle. Jos tällaisia suojauksia ei ole, varoja voidaan pitää "vaarassa". Tämä on sama kuin muiden sijoitusten tai sijoitusten tekemisen kanssa liikeyritykseen. S-yhtiön kannalta pääoman varojen vastaanottaminen olisi luokiteltava velaksi vain, jos todellinen velkasopimus on olemassa. Jos ei, saadut varat olisi oletusarvoisesti kirjattava lisäsijoitettuun pääomaan.
Koska S-yritykset ovat läpivirtausyrityksiä, liiketoiminnan nettotulojen tai -tappioiden verovaikutukset kirjataan päämiesten yksittäisiin veroilmoituksiin. Päämiehet ovat vastuussa henkilökohtaisten osake- ja velkaperusteidensa seurannasta liiketoiminnassa. Yrityksen läpimeno-tappiot voidaan vähentää vain kunkin pääoman omistaman perustan määrään saakka. Sitä vastoin S-yhtiöiden läpimeno-tuloja, jotka ylittävät perustan, pidetään verotettavina tuloina. Vaikka S-yhtiö ei itse ole vastuussa omistajiensa osakekannan ja velkaperusteen seurannasta, sen tulisi silti määritellä selkeästi lainojen pääomaosuudet, jotta tilinpäätöstiedot ovat oikein vuoden lopussa. S-yhtiön tilinpäätöksen mahdolliset virheet voivat aiheuttaa osakeomistajille annettujen K-1-arvojen virheellisyyden. On myös elintärkeää, että S-johdon ja pääomistajan välillä, joka myöntää tai lainaa rahaa yritykselle, on selkeä viestintä.
